在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

探讨最终结果

1、从光敏培养教育受损细胞中拆分DNA交连核苷酸质

要想分割光热塑脂肪酸质-DNApp物用在LC-MS了解，原作者搭建了一大种变形纯化的办法，可从DNA中消如果不是说热塑脂肪酸质，仅在影响时在同时什么是基因组接触的面积聚集DNA热塑脂肪酸质。用TRIZOL领取染料质并消除入狱获的非热塑脂肪酸，以后将其坏点重新可溶性高，溶于水的以对其进行RNase代谢。在超声检查裁取所得税率脂肪酸质热塑DNA的领取物，在硫氰酸胍中加热变形，并在二脱色硅离心法柱上阵发性干洗以消如果不是说热塑脂肪酸质终将到位。在核酸酶进行处理从DNA中降低光热塑脂肪酸，并对其进行胰脂肪酸酶代谢用在LC-MS了解。该的办法创建为脂肪酸质热塑DNA领取或XDNAX。

图1.核氨基酸热塑DNA生成或XDNAX的程序流程图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可之间触及DNA的蛋清质图谱

将光交连具体方法广泛应用于MCF7細胞，发觉了1,805种待选血清，这其中1,191种的存在于3个或更加多次多次重复中。60%的DNA上下级意义组暗含核酸融入的GO注音，在匮乏核酸融入注音的血清质中，较大的影响力存在核纤层血清，次之是参加染料质组织安排和細胞分裂主义的血清质（图2）。

图2 . 可单独碰触 DNA 的球脂肪酸（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3工作小结了DNA完美功用组所暗含的蛋清质-DNA网页基本富含的核苷酸化学交联肽。这具有是因为（1）球状DNA联系结构特征域、（2）DNA 联系周期性区（IDR）和（3）是因为与另外蛋清质（如组蛋清联系蛋清）、RNA（如剪接成分）或相隔离区室（如核仁蛋清）完美功用而导致的情况靠近。

图3 . 可真接学习 DNA的组成域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、一定量细胞核扰动一年后与DNA紧密结合的转录细胞

雌刺肾上腺素感觉α（ESR1）驻放在胞质溶胶中，直至会遇到其配体，引发易位到肿瘤组织质，在那儿它与染色体组中的某的区域性构建以解锁某的的转录系统软件。将血清饥饿的MCF7肿瘤组织被暴露于高的用药量雌刺肾上腺素（10 nM 17β-雌二醇）441分钟，与虚拟治理 的照表肿瘤组织十分它的DNA彼此使用组（图4A）。这之中，雌刺肾上腺素刺激到后DNA彼此使用组中的ESR1曾加了30倍（图4B）。总的认为，在1,814个酶联免疫法的淀粉酶质-DNA彼此使用中，约有9%屏幕上显示出达到2倍的为显著发展，并看到与ESR1具备彼此使用的淀粉酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌荷尔蒙处置乳线癌肿瘤细胞 DNA 共同效应组的定量分析会比较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结

学习迈入表观遗传组的淀粉酶质以介绍它是是怎样被收录并付诸实践经验的，一支是成果转化人1个经常性的理想。表观遗传组可及性最主要的以DNA为平台的想法对其进行学习，只不过，到现下 ，着色质疑胶中的哪个淀粉酶质与DNA 显示电磁学充分影响尚不模糊不清。用到零高度光交连，可显示DNA充分影响组中的几乎数淀粉酶质，XDNAX系统将当作淀粉酶质-DNA充分影响学习的强大的软件工具。

拜谱总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的核胆固醇组学、修饰语组学、新陈代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

可以参考学术论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.