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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显视出丰富的菌物特异性，其中包括抗肿癌和抵抗疾病毒功用。往往，三萜是利用甲羟戊酸有效途径合成图片的，并从具有绿植和白色念珠菌中获取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表过了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的实验综述。该实验找到三萜类类化合物野生灵芝粉酸（GA）是用液状体塑造培养的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学的技术水平图片转换形成的。经过转录组和蛋清质组学的技术水平进一部探求无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT形成五种野生灵芝粉酸（GA）的原则，并要根据两组学的技术水平测量到的文化文化差异dna和文化文化差异蛋清，得出DHT 生态学的技术水平提炼 GA 的路线。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和能力种类

按照对无柄野生灵芝真菌感染菌丝体展开转录组测序共得出67230个转录本和14295个单表观遗传遗传。在这个单表观遗传遗传中，49两个被评定为相互影响表明表观遗传遗传（DEGs），中间213个表明上涨，279个表明降低（图1A）。GO怪物丰度分折后，DEGs划分怪物整个方式（BP）、神经元基本成分（CC）和分子构造职能（MF）3类。在BP类目中，发生了前5个子类目：消炎药拆解产生整个方式，乙酸盐产生整个方式和甲酸盐产生整个方式;而在CC类目中，神经元外区、突触黏结体、突触构造是前5个亚类。相对MF类目，甲酸脱氢酶（NAD）亲水性氧、氧化的复原酶亲水性氧和酸氨（或酰胺）接酶亲水性氧是前5个亚类目（图1B）。在DEGs的KEGG环路分折中，前30条怪物丰度度最低的环路有27条应属产生，中间甲烷气体产生、乙醛酸盐和二羧酸盐产生、丙酸盐产生的信号环路取得怪物丰度（图1D）。

图1|转录多组分析和工作分级

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

用对无柄灵芝粉真菌感染菌丝体积极参与胆固醇质组学了解，至少确实了16,457种独一无二肽、2606种胆固醇质和2588种参考值胆固醇质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的建立具体条件下，在那2606种胆固醇质中，94种被认定为一定的不同之处把你想表明出来胆固醇（DEPs），这当中52种上涨，42种下降（图2A），图2C界面界面显示信息了一定的不同之处把你想表明出来胆固醇的聚类概述法了解热图。从GO了解看你，BP行业类别界面界面显示信息，一般数DEPs积极参与醋酸钠盐产生率率的时候、消炎药定量参与分析一下产生率率的时候和药剂定量参与分析一下产生率率的时候。CC类DEPs在細胞膜外区、过被铁的空气氧化物酶体和微体中比率高，被空气氧化修复酶催化活性氧和甲酸脱氢酶（NAD）催化活性氧在MF类中DEPs的配比高（图2B）。与转录组然而相类似，KEGG环路了解界面界面显示信息，好多DEPs在产生率率中含有，这当中3条最含有的经由是光合生态学制品中的碳稳固、碳产生率率和MAPK讯号环路（图2D）。除此之外，用了解GO统计资料库的CC对DEPs积极参与亚細胞膜准确定位了解和批注（图2E），DEPs主要是区域划分在細胞膜质（40.66%）、細胞膜膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），系统理论上是GAs生态学制品制成的主要是区域。

图2|高蛋白质组的一定量分析一下和功效认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物被转化和较组得票率DEGs和DEPs设计了维恩图，有20个区别表答表观遗传（图3A）。对转录组和血清质含量质组中E组和C组一共有的DEGs/DEPs参与聚类进行解析法进行解析，会发现mRNA和血清质含量质范围内有18个上涨表观遗传和8个调低表观遗传，DEGs两者泰语翻译的DEPs表答能力呈正涉及到的，源于Pearson的涉及到的因子进行解析，在转录组和血清质含量质组范围内检侧到相比较高的涉及到的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）测试然而展现，E组和C组16个DEGs的把你想表达出来爱含量不不同性显著性，在当中9个为调整DEGs，4个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的把你想表达出来爱发展与转录多组分析然而不同。

图3|蛋白酶质组的一定量分析一下和功能表检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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